Küçük bir kasaba olan Resembool'da babalarının çocukken terk ettiği iki genç kardeş, Edward ve Alphonse Elric, anneleriyle birlikte yaşıyorlardı. Ancak anneleri ölümcül bir hastalığa yakalanarak hayatını kaybetti. Bu acı kaybı kabullenmekte zorlanan kardeşler, annelerini diriltmek için simya adı verilen bilim dalını kullanmaya karar verirler. Simya, fiziksel maddeyi bir biçimden diğerine dönüştürmeyi mümkün kılar. Ancak insan dönüşümü kesinlikle yasaktır ve başarıyla gerçekleştirilemez. Annesinin dirilişi denemesi felaketle sonuçlandı; bu süreçte Edward sol bacağını, Alphonse ise tüm bedenini kaybetti. Edward, Alphonse'un ruhunu bir zırha bağlayarak kurtarmayı başardı, fakat bunun için sağ kolunu feda etmek zorunda kaldı. Kardeşler, kaybettikleri bedenlerini geri kazanmak amacıyla bir arayışa koyuldular. Edward, devlet simyacısı olarak orduya katıldı ve iki kardeş ünlü filozof taşını bulmak için bir yolculuğa başladılar. Bu taşın, simyasal dönüşümleri mükemmelleştirebileceğine ve kaybettiklerini geri getirebileceğine inanıyorlardı. Yolculukları sırasında, sadece taşın peşinden koşmakla kalmadılar; aynı zamanda ülkenin tarihi hakkında karanlık gerçekleri ve ordunun üst kademelerindeki komploları da keşfettiler. Bu korkunç sırların ardından, sadece kendi bedenlerini değil, aynı zamanda ülkenin geleceğini de kurtarmak için mücadele etme kararı aldılar. Filme odaklanarak büyüleyici bir macera ve derin bir duygusallıkla örülü bu hikaye, izleyicilere hem aksiyon dolu anlar hem de düşündürücü mesajlar sunuyor.