Aradan bir yıl geçti ve Spider-Man hala süper kahraman olmanın birçok tehlikeli tuzak ve kaçınılabilir zararlarla dolu olduğunu fark ediyor. Neyse ki, S.H.I.E.L.D. Direktörü Nick Fury, Peter Parker'a, onu nihai Spider-Man yapmayı vaat eden özel bir eğitim programı sunarak bu durumu düzeltmeyi teklif ediyor. Şimdi, süper kahramanlar arasında yalnız bir figür olan Peter, hem profesyonel hem de kişisel yaşamında yeni bir süper kahraman ekibiyle birlikte çalışmayı öğrenmek zorunda. Bu yeni eğitimin getirdiği sorumluluklar ve karşısına çıkan süper kötü adamlar, Ağ Atıcı Mucize için hayatı her zamanki gibi yoğun kılıyor. Peter, günlük hayatının sıradan sorunları ile suçlularla mücadelenin getirdiği stres arasında denge kurmaya çalışırken, aynı zamanda genç bir yetişkin olarak kendi kimliğini keşfetme yolculuğuna da çıkıyor. Okulda aldığı eğitim ve edindiği yeni süper kahraman arkadaşlarıyla geçirdiği zaman, ona sadece bir süper kahraman olarak değil, aynı zamanda bir insan olarak da büyüme fırsatı sunuyor. Her yeni görev, ona yeni bir şeyler öğretiyor ve bu süreçte hem dostlukların hem de takım çalışmasının önemini daha iyi anlıyor. Süper kötü adamlarla yaşadığı çatışmalar, ona cesaretin ve kararlılığın ne kadar önemli olduğunu gösterirken, aynı zamanda geçmişte yaptığı hatalardan ders almasını da sağlıyor. Ancak bu zorlu görevler sırasında bile, Peter Parker her zaman yardımsever ve koruyucu tavrını koruyor. Hem okul hayatında hem de süper kahraman olarak karşılaştığı engeller, onun daha güçlü bir karaktere sahip olmasına yardımcı oluyor. Film, izleyicilere sadece Spider-Man'in maceralarını değil, aynı zamanda bir kahramanın insan tarafını da gösteriyor.