Lincoln Burrows, bir cinayet suçlamasıyla idama mahkum edilmiş, ölüm sırasını bekleyen bir mahkum olarak, birkaç ay içinde idam edilecektir. Ancak, kardeşi Michael bunun yanlış bir suçlama olduğuna inanmaktadır. Lincoln'ün masumiyetine olan inancı, Michael'i de bu duruma karşı koymak için olağanüstü bir çaba göstermeye mecbur bırakır. Bu nedenle, Michael, kendisini Fox River Eyalet Hapishanesi'ne kardeşiyle birlikte girmek için plan yapar. Bir yapı mühendisi olan Michael, hapishanenin ayrıntılı planlarını bilmektedir ve bu bilgisini kullanarak Lincoln'ü kaçırmak ve masumiyetini kanıtlamak için karmaşık bir kaçış planı yapar. Michael hapishaneye girdikten sonra, burada tanıştığı ve planını bilmeden ona yardımcı olacak birkaç kişi vardır. Hücre arkadaşı ve aşk acısı çeken Sucre, güzel hapishane doktoru ve vali kızı Dr. Sara Tancredi, eski bir mafya patronu olan John Abruzzi ve hapishane müdürü Henry Pope gibi karakterlerle yolları kesişir. Bu kişilerin her biri, Michael'ın planını gerçekleştirmesinde önemli roller üstlenir. Bu sırada hapishane duvarlarının dışında, kardeşlerin çocukluk arkadaşı ve Lincoln'ün eski sevgilisi avukat Veronica Donovan, hukuki yollarla onların serbest kalması için çalışmaktadır. Lincoln'ün oğlu LJ, babasının suçlu olduğu düşünülen yanlış yolda ilerleme tehlikesiyle karşı karşıyadır. Ek olarak, Gizli Servis Ajanı Paul Kellerman'ın Lincoln'ün davasına yönelik yürüttüğü soruşturma, ulusal bir komplonun varlığını ortaya koyabilir. Bu film, izleyicilere gerilim dolu bir hikaye sunuyor ve her an yeni sürprizlerle dolu bir maceranın içine çekiyor.