Cardassianlar tarafından onlarca yıl süren acımasız bir işgalin ardından, Bajoran halkı, gezegenlerini ve topluluklarını yeniden inşa etmelerine yardımcı olmaları için Yıldız Filosu ve Federasyon'a başvurur. Cardassianların Bajor bölgesinden çekilmesiyle birlikte, Yıldız Filosu, Bajor'un yörüngesinde yer alan eski Cardassian uzay istasyonu Terak Nor'u, yeni adıyla Derin Uzay Dokuz (Deep Space Nine), yeniden inşa sürecini denetlemek için yeni karargahları olarak kullanmaya başlar. Yeni komuta subayı Benjamin Sisko ve Teğmen Dax, galaksinin 60,000 ışık yılı uzaklıktaki Gamma Dörtgeni'ne açılan ve doğal olmayan, kararlı bir solucan deliği girişini keşfederler. Solucan deliğinde zamanın dışında var olan ve Bajoranların Peygamberler olarak taptıkları varlıklar bulunmaktadır. Bu durum sonucunda Bajoran halkı, Sisko'yu Peygamberlerin Elçisi ilan eder. Sisko, Yıldız Filosu kariyeri ve Bajoranlara bir yabancı olmasından dolayı bu durumdan oldukça rahatsızdır. Bu durum, kültürlerine müdahale olarak gören Yıldız Filosu ve bir yabancının Elçi olarak görülmesini neredeyse kutsal değerlere hakaret olarak algılayan bazı Bajoran dini liderler arasında da hoşnutsuzluk yaratır. Sisko, Bajor'un toparlanmasına yardımcı olmak için emirleri takip eden bir Yıldız Filosu subayı olarak ve Elçi rolü arasında dikkatli bir denge kurmaya çalışır. Aynı zamanda Yıldız Filosu'nun müdahalesizliği ilkesine uymaya çalışır. Mürettebat, sonunda Gamma Dörtgeni'nin Dominion adı verilen bir güç tarafından kontrol edildiğini keşfeder. Dominion, galaksiye düzen getirmek amacıyla şekil değiştiren bir uzaylı ırkı olan Kurucular tarafından yaratılmıştır. Jem'Hadar olarak bilinen genetik mühendislik harikası ve savaşta acımasızca etkili olan askerler ile Dominion'un günlük operasyonlarını denetleyen ve Jem'Hadar'a emir veren genetik olarak geliştirilmiş Vorta da Kurucular tarafından yaratılmıştır. Yıllardır Federasyon'un başına bela olan Cardassianlar, sonunda Dominion ile müttefik olur ve Alfa Quadrant'ına Dominion'un düzenini getirmek amacıyla Federasyon, Klingonlar ve diğer ırklara savaş ilan eder. Ancak bu ittifakın umut ettikleri kurtuluş olmadığını kısa sürede anlarlar. Federasyon-Klingon ittifakı, nihai zaferi sağlamak için olağan dışı ve zaman zaman aşırı yollara başvurmak zorunda kalır ve bu durum büyük bir maliyetle sonuçlanır.