Codename 13, 17 yaşında eğitimli bir suikastçi olan genç bir kız, Japonya'daki başarısız bir görev nedeniyle görevden uzaklaştırılmıştır. Genç suikastçi, görev sırasında tanıştığı 11 yaşındaki Monji isimli bir çocuk sayesinde vicdanını sorgulamaya başlar. Monji, bir suç örgütü tarafından annesi öldürülen yalnız bir çocuktur. Monji'nin de kaçırılması üzerine, Codename 13 durumu kabullenemez ve çocuğu kurtarmak için her şeyi göze alır. Bu süreçte önüne gelen her türlü engeli aşmaya kararlı olan 13, aynı zamanda kendisini eğiten ve çalıştığı Shadow isimli organizasyonun kurallarına ve liderine karşı da gelmek zorunda kalır. Film, genç bir suikastçinin içsel çatışmaları ve masum bir çocuğu kurtarma çabalarını heyecan dolu bir macera ile ekrana taşır. Aksiyonun bir an bile durmadığı bu filmde, izleyiciler hem gerilim dolu dakikalar yaşayacak hem de genç kızın iç dünyasına tanıklık edecektir. Codename 13'ün, adalet ve vicdan arasında bocalayan hikayesi, izleyicileri derinden etkileyecek sahnelerle dolu.