Genç Bastian ve arkadaşları, Fantasia'da büyülü ve felsefi maceralarına kaldıkları yerden devam ediyor. Bu kez Bastian, kitap okuma alışkanlığı sayesinde yaratılan hayal dünyasını yok etmekle tehdit eden kötü niyetli bir cadıya karşı mücadele etmek zorunda kalır. Hikaye, Bastian ve onun kurgusal arkadaşı olan Atreyu'nun bir araya gelerek İmparatoriçe'yi kurtarma çabalarını konu alıyor. Bu İmparatoriçe, Fantasialand'de bulunan Fildişi Kule'de hapsedilmiştir ve onun kurtuluşu, Fantasia'nın geleceği için hayati bir önem taşımaktadır. Fantasia, yalnızca hayal gücüyle var olabilen ve insanların okudukça güçlenen bir dünyadır. Bu dünyayı tehdit eden cadı, Fantasia'nın varlığını tehlikeye sokarak tüm hikayelerin unutulmasına neden olabilecek bir karanlık yaymaktadır. Bastian, kitaplardan aldığı ilhamı ve hayal gücünün gücünü kullanarak bu tehdit ile başa çıkmaya çalışır. Atreyu ile birlikte, Fantasia'nın dört bir yanını keşfederler ve bu sırada hem kendi güçlerini hem de dostluklarını sınayacak maceralar yaşarlar. Film, fantastik unsurlarla dolu bir dünyada dostluk, cesaret ve hayal gücünün gücünü vurgulayan bir hikaye sunar. Bastian'ın fantastik dünyada verdiği mücadele, izleyicilere hayal gücünün ne kadar güçlü olabileceğini ve kitapların yarattığı dünyaların aslında ne kadar gerçekçi ve önemli olabileceğini gösterir. Bu büyülü ve duygusal yolculukta, izleyiciler hem Bastian'ın hem de Atreyu'nun içsel gelişimlerine tanıklık ederler. Film, hayal gücünün sınırsız gücünü ve kitapların dünyaları nasıl şekillendirebileceğini etkileyici bir şekilde anlatıyor.