Serinin dördüncü bölümünde, Ethan Hunt ve yeni bir ekip, Rus nükleer fırlatma kodlarına erişim sağlayarak ABD'ye saldırı planlayan tehlikeli terörist Hendricks'in peşinde koşuyor. Bu kez zamanla yarışmaları gerekiyor, çünkü Hendricks'in planları hayati bir tehdit oluşturuyor. Ekibin Hendricks'i durdurma girişimi, Kremlin'de bir patlama ile felakete dönüşüyor. Bu patlama sadece Kremlin'e ciddi zarar vermekle kalmıyor, aynı zamanda IMF'yi de bu bombalama olayına karışmış olarak gösteriyor. Bu durum, Başkan'ı IMF'yi kapatıp Hayalet Protokolünü devreye sokmaya zorluyor. Artık IMF, hiçbir şekilde resmi yardım veya destek alamayacak ve ekibin kendi kaynaklarıyla hareket etmesi gerekecektir.