Baş karakterimiz Jim Phelps, gizli ve hayati önem taşıyan materyallerin çalınmasını engellemek üzere Prag'a gönderiliyor. Ona eşlik eden eşi Claire ve güvendiği ortağı Ethan Hunt, Phelps'in liderliğindeki ekibin vazgeçilmez üyeleridir. Ancak işler tahmin edilmedik bir şekilde kötüye gitmeye başlar ve görev başarısızlıkla sonuçlanır. Sonunda, Ethan Hunt görünüşe göre bu trajediden sağ kurtulan tek kişidir. Başarısızlığı bildirdikten sonra, IMF'in başkanı olan Kittridge, şüphelerini gizlemez ve başarısız görevin sorumlusunun Ethan olduğuna inanır. Bu, Ethan'ın kariyerini ve adını temize çıkarmak için alışılmışın dışında yollar aramaya başladığı bir noktadır.