Genç bir çocuk olan Kubo'nun, geçmişten gelen intikam peşindeki bir ruhu yenmek için, rahmetli babasının giydiği büyülü zırhı bulması gerekiyor. Fakat bu onun için hiç de kolay bir görev değil. Kubo, kendisini bu fantastik ve karmaşık görevin merkezinde buluyor. Eşsiz ve mistik bir dünyada, kahraman bir baba figürünün somut bir izini, onun sihirli zırhını bulmak zorunda. Hikayenin ilerleyişi, izleyiciye kimi zaman gülümseten kimi ise düşündüren, sıra dışı bir macera sergiliyor. Ancak bu macerada Kubo tek başına değil. Ona yardımcı olmak ve onu bu zorlu yolculukta yalnız bırakmamak adına rehberler ve dostlar da var. İyilik ve cesaret, kötülük ve intikam arasında gidip gelen bir hikaye anlatılıyor. Kubo'nun bu yolculukta babasının ardında bıraktığı zırhı bulma çabası, izleyicinin de kendi içindeki savaşları ve geçmişiyle olan hesaplaşmalarını simgeler nitelikte. Babasının zırhını arayan Kubo, aslında geçmişiyle, babasıyla olan bağlarıyla ve belki de en çetin düşmanı olan kendi korkularıyla yüzleşmek zorunda. Bu durum, filmin genel temasını belirler ve izleyiciye, cesaret, aile bağları ve kişisel gelişimin önemini vurgular. Bir çocuğun büyüme, anlama ve kabullenme sürecini takip etmek kadar dokunaklı başka bir hikaye az bulunur. Kubo'nun bu yolculuğunda size eşlik etmesine izin verin, eminim ki pişman olmayacaksınız.