Krang adı verilen ve güce susamış bir uzaylı türü gözlerini dünyaya diktiklerinde gezegende korkunç bir savaş da başlamıştır. Fakat her geçen gün kaybedilmekte olan bu savaşta dünya geçmişe bir askeri yollayıp bir uyarı yapmayı ve hatta yardım bulmayı ummaktadır. Geçmişe gönderilen asker ise ninja kardeşleri bulmuş ve onlara gelecekte neler yaşanacağını anlatmıştır. Krang uzaylılara karşı bir şeyler yapılmazsa dünya ve insanlıkta düşecektir. Fakat işin tuhaf tarafı Krang denen yaratıklar ninja kardeşlerle karşılaştıklarında onlarla savaşmadan onların gücünü almayı başarmış ve ninja kaplumbağaların gücünü dünyayı yok etmek kullanmaya karar vermişlerdir!