Annesiyle birlikte harap durumdaki Spiderwick Malikanesi'ne taşındıktan sonra, ikiz kardeşler Jared ve Simon Grace ile kız kardeşleri Mallory, kendilerini peri ve diğer yaratıklarla dolu bir alternatif dünyanın içinde bulurlar. Bu esrarengiz malikane, ilk bakışta ıssız ve bakımsız görünebilir; ancak bu evin duvarları arasında gizli bir dünya yatıyor. Jared, Simon ve Mallory'nin bu fantastik dünyayı keşfetme süreci, onları bekleyen tehlikeler ve maceraların yanı sıra derin aile bağlarını ve kardeş sevgisini de gözler önüne seriyor. Bu üç kardeş, bu gizemli evi ve içindeki sırları keşfederken korkularıyla yüzleşmeye, cesaretlerini ve dayanıklılıklarını test etmeye başlarlar. Spiderwick Malikanesi'nde buldukları bu alternatif dünya, izleyicilere peri masalları ve mitolojik hikayelerin karanlık ve büyülü yönünü sunuyor. Her ne kadar bu dünya, çocukların masum hayallerini ve hayal güçlerini beslese de, tıpkı gerçek hayatta olduğu gibi, burada da tehlikeler ve endişelerle dolu. Ancak Jared, Simon ve Mallory'nin karşısına çıkan her zorluğa göğüs germe ve birlikte hareket etme kabiliyetleri, aile olmanın gücünü ve sevginin kurtarıcı etkisini vurguluyor. Özetle, Spiderwick Malikanesi'nin sakinleri, bir yandan fantastik yaratıklarla dolu bir dünyayı keşfederken, diğer yandan da kendilerini ve aile bağlarını keşfediyorlar. Bu film, izleyicinin heyecan, korku ve merak dolu bir yolculuğa çıkmasını sağlarken, aynı zamanda ailenin ve sevginin önemine dair güçlü bir mesaj veriyor.