Hikaye, Mısır'da binlerce yıl önce uyanan ve insanlığı yeniden şekillendirmek amacıyla dünyaya yıkım getirmeyi planlayan En Sabah Nur'un uyanışıyla başlar. En Sabah Nur, diğer mutantları kendisine katılmaya ve güçlerini onun hizmetine sunmaya zorlar. Bu esnada, X-Men ekibi ise En Sabah Nur'un planlarını durdurmak ve insanlığın kaderini korumak için bir araya gelir. Film, genç Xavier'in önderliğindeki X-Men ekibinin, En Sabah Nur ve onun güçlü takipçileriyle olan mücadelesini, aynı zamanda geçmişteki hatalarıyla yüzleşme süreçlerini ele alır. X-Men, En Sabah Nur'un yeniden uyanışı ve yıkıcı gücü karşısında birleşerek dünyayı kurtarmaya çalışırken, birçok aksiyon dolu sahne ile film izleyiciyi içine çeker.