Hikâye, insanlar ve mutantlar arasındaki korku ve gerilimle başlar. İnsanlar, mutantların sahip olduğu güçlerden ve potansiyel tehditlerinden korkarlar. Mutantlar ise, toplumları tarafından dışlanma ve ayrımcılığa uğrama korkusuyla yaşarlar. Marie, diğer adıyla Rogue, mutant güçlere sahip genç bir kadındır. Ancak bu güçler, dokunduğu herkesin yaşam enerjisini emmesine neden olan tehlikeli bir yetenektir. Bu yetenek nedeniyle Rogue, ailesinden ve toplumdan dışlanmıştır. Bir gün evinden kaçar ve Logan, yani Wolverine olarak bilinen bir mutantla karşılaşır. Bu sırada Profesör Charles Xavier ise mutantlar için bir sığınak ve eğitim okulu işleten bir mutant lideridir.